Il pianeta Terra, ormai abbandonato da centinaia d'anni da una popolazione troppo numerosa per contenerlo, è diventato un luogo inviolabile e quasi sacro, mantenuto tale con pugno di ferro e fermezza militare dalla coalizione Gaia. Ad essa si contrappone Capitan Harlock e la sua ciurma a bordo dell'Arcadia, a cui si è appena aggiunto un nuovo elemento: Logan, fratello dell'ufficiale disabile Ezra e dunque infiltrato di Gaia dentro l'armata di Harlock con il compito di uccidere il capitano. Quando però Logan capirà qual è l'ideale che muove Harlock, che ha sempre percepito come un nemico, sarà pronto a schierarsi con lui contro il fratello, il quale lo accusa di aver causato la sua disabilità.
13 assassini
Shinzaemon Shimada è un nobile samurai che ricevuto l'ordine di uccidere Naritsugu, accusato di voler prendere il potere del paese. Assieme ad altri combattenti il samurai organizza una trappola per catturare il ricco feudatario.Naritsugu è aiutato da un temibile esercito comandato da Hanbei, che si scoprirà essere un grande nemico di Shimada. Costui assieme ai suoi samurai si troveranno ad affrontare una complicata missione suicida.